No ano de 1821 o Brigadeiro Manuel Rodrigues Jordão comprou uma gleba de terras na lendária Sesmaria do Morro Azul pertencente à família Galvão de França e Manuel de Barros Ferraz.

Seu filho, o Barão de São João de Rio Claro, Coronel Amador de Camargo Lima Rodrigues de Lacerda Jordão, fundou em parte desta gleba, em 1854, a Fazenda Santa Gertrudes.

O Nome de Santa Gertrudes foi posto pelo Barão em homenagem à memória de sua mãe, D. Gertrudes Galvão de Moura de Oliveira e Lacerda Jordão.

Após a morte do Barão, sua mulher e viúva Baronesa D. Maria Hippólyta dos Santos casa-se, em 1873, com Joaquim Egídio de Souza Aranha, o Marquês de Três Rios que assim passou a ser o 2º proprietário da fazenda. Por sua iniciativa a fazenda foi servida pela estrada de ferro que trouxe grande progresso e desenvolvimento à região.
Por morte do Marquês e de sua mulher, que não deixaram geração, a fazenda foi herdada por D. Antônia dos Santos Silva Prates, irmã da Marquesa de Três Rios e casada com Eduardo Prates, o Conde de Prates. Foi exatamente nesta época e por iniciativa do Conde, homem influente e grande empreendedor, que a fazenda atingiu seu maior apogeu. Entre 1890 e 1910, o Conde construiu uma das maiores e mais tecnificadas estruturas de plantação, benefício e comercialização do café o que implicava em carpintaria, ferraria, selaria, tulha de café, máquinas de benefício, armazéns, marcenaria, escola, cinema, cocheiras, currais, barragens, aquedutos, igreja, mirantes, usina a vapor para fornecimento da energia elétrica além de cunhar sua própria moeda.

Toda essa estrutura continua preservada. São mais de vinte e dois mil metros quadrados de construção harmoniosamente criada pelo bom gosto de um arquiteto francês que, há mais de um século, se sujeitava às regras de um plano acadêmico diretor.

Nas primeiras décadas do Século XX, a Fazenda foi sempre considerada modelo e por isso foi visitada por pessoas ilustres que chegavam de São Paulo vindas de trem e eram recebidas na estação da Vila, antes chamada Gramado, hoje Santa Gertrudes, pelo Conde de Prates com suas carruagens sempre reluzentes e impecáveis.